El mediocampista bogotano se formó en Maracaneiros y fue al América de Cali a buscar oportunidad. No llegó a debutar con el primer equipo y sí lo hizo en la Primera B con el Real Cartagena. Posteriormente, pasó a Millonarios donde fue figura de 1999 a 2004.

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Su buen desempeño en el mediocampo capitalino hizo que Quilmes de Argentina lo fichara. En el equipo de Gustavo Alfaro llegó a compartir con y compatriota Iván ‘Champeta’ Velásquez, el joven Miguel Caneo y el experimentado Matías Almeyda.

A mediados de 2005, San Lorenzo contrató a Alfaro tras sus buenos resultados con los ‘cerveceros’. El argentino se llevó a Andrés Pérez quien había sido pieza fundamental en Quilmes. Fue discreto el primer campeonato de los ‘cuervos’ y ocuparon el noveno puesto. Para la pretemporada de 2006 se jugó en tradicional Pentagonal de Verano de los cinco grandes del fútbol argentino: River Plate, Boca Juniors, Racing, Independiente y San Lorenzo.

‘El Ciclón’ empezó empatando 1 – 1 ante Racing, luego empataron con River Plate sin goles y en la tercera fecha enfrentaban a Independiente. En Salta apenas asistieron unas 3.000 personas en una noche llena de golazos. Abrió la cuenta Osmar Ferreyra y en los últimos minutos de primer tiempo llegó la joya de la noche. La rabona es una de las formas más difíciles de golpear el balón al pasar una pierna detrás de la otra. Algunos deben realizar este lujo al no pegarle bien con su pierna menos hábil.

Pablo Barrientos habilitó a Pérez que hizo una diagonal como si fuera centro-delantero. El colombiano controló en el área y le quedó el balón para definir con pierna izquierda. Sin embargo, Pérez remató de rabona y venció al arquero Bernardo Leyenda, golazo del bogotano que fue la imagen principal en los programas deportivos.

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Parecía que iba a ser un gran semestre para Andrés Pérez, pero en la tercera fecha de la liga despidieron a Gustavo Alfaro luego de dos derrotas y un empate. Oscar Ruggeri llegó al banquillo y relegó al colombiano. Alfaro firmó con Arsenal de Sarandí y de nuevo pidió a Andrés Pérez. Lastimosamente el volante tuvo varios problemas físicos y en 2007 terminó volviendo a Millonarios.

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