La Selección Colombia disputó la Copa Confederaciones en junio de 2003 y Giovanni Hernández fue uno de los jugadores que más se destacó. El vallecaucano le marcó a Japón y Nueva Zelanda.

Posteriormente la tricolor viajó a Estados Unidos a participar en la Copa Oro. Desde Miami el ‘10’ le envió un fax al Deportivo Cali expresándole que aceptaría una propuesta de Colón de Santa Fe que pagaría 1.5 millones de dólares por su pase.

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Con 27 años tenía una larga experiencia vistiendo las camisetas de: Once Caldas, América, Medellín y Cali. Edgardo ‘Patón’ Bauza era el técnico del ‘sabalero’ y contaba con jugadores como: Laureano Tombolini, Alcides Piccoli, Ariel Pereyra, Iván Moreno y Fabianesi, Alejandro Capurro, Esteban ‘Bichi’ Fuertes, entre otros. Colón tenía cupo a la Copa Sudamericana tras haber quedado cuarto en la Liga Argentina.

El 12 de agosto, en el Cementerio de los Elefantes, se enfrentaron Colón y Vélez Sarsfield. Los de Liniers contaban en el arco con el experimentado Gastón Sessa de pasado en Estudiantes de La Plata, Rosario Central, Racing de Avellaneda y River Plate.

Javier Delgado marcó doblete y puso arriba a los locales. A los 59 minutos hubo un tiro libre de costado y Giovanni Hernández ya era el dueño de la pelota quieta.

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Cualquiera pensaría que el colombiano iba a centrarla, no solo por la posición del cobro, sino por la forma de pararse. Sin embargo, Giovanni sorprendió y con el empeine remató al arco para sorprender al ‘Gato’ Sessa. Al final Vélez Sarsfield descontó y a las 2 semanas Colón goleó en Liniers 1 – 4 para seguir en competencia. Hernández se ganó el elogio de la prensa argentina.

“En el momento del tiro libre observé que el palo estaba medio descuidado porque había un sólo jugador en la barrera y que el arquero estaba jugándose para buscar el centro. Gracias a mi Dios pude jugar bien y hacer un bonito gol que esperaba desde que llegué. Pienso que por la forma en que me paré, todos creían que iba a tirar el centro, hasta el arquero. Y es cierto, eso era lo que yo tenía pensado, pero cambié sobre la marcha y acerté”, explicó Giovanni Hernández.

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Hasta el 2006 el caleño estuvo en Colón y posteriormente se marchó a Colo-Colo. En Argentina fue donde se vio la mejor versión del ‘10’ que varias veces sonó para jugar en Boca Juniors, River Plate y otros grandes de Argentina, aunque nunca se concretaron las transferencias. Sus últimos años los jugó en Junior de Barranquilla, Independiente Medellín y Uniautónoma.