Alejandro Botero debutó en 1999 con el Deportivo Cali cuando solo tenía 18 años. Nació en Pereira y al igual que Óscar Córdoba, Faryd Mondragón y Miguel Calero se formó como arquero en el Valle del Cauca.

Su padre, David Botero, era agente de turismo. Luis Fernando Suárez lo convocó para el Torneo Esperanzas de Toulon de 1999, un campeonato juvenil amistoso jugado en Francia con gran tradición desde 1967.

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El equipo contaba con otros jugadores que más adelante llegarían a la selección mayor como: David González, Hayder Palacio, Andrés Orozco, José Mera, Gustavo Victoria, Luis Felipe Chará, Fabián Vargas, Mauricio Molina, David Ferreira y Jorge Horacio Serna. Colombia llegó invicto a la final luego de enfrentarse a: Portugal (1–1), Holanda (2–1), Argentina (1–0) y México (1–0).

En la final de nuevo Argentina era el rival y tras empate a un gol hubo definición desde el punto penal. En el sexto cobro, Botero le atajó al arquero Sebastián Saja y posteriormente Mera le dio el título al equipo.

En el año 2000 la ‘Tricolo’r también participó con Reinaldo Rueda como técnico. De nuevo Botero viajó y acudieron otros importantes jugadores como: Elkin Calle, Andrés Pérez, Juan Fernando Leal, Malher Tressor Moreno, Álvaro Domínguez, Andrés Chitiva, entre otros.

Una vez más Colombia llegó invicto a la final: Irlanda (1–0), Portugal (2–2), Ghana (4–2) y Costa de Marfil (3–1). Repitió partido con Portugal y de nuevo tras un 1–1 todo se definió desde el punto penal. Alejandro Botero le atajó los remates a Paulo Mendes y Esteves. Segundo título consecutivo y con el arquero risaraldense como figura.

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Hasta el 2002 el joven guardameta atajó 17 partidos con el Deportivo Cali. Recibió una goleada 6–0 en Santa Marta ante el Unión Magdalena y  a mitad de 2002 viajó a Argentina nada más y nada menos que a Independiente de Avellaneda. En su primer semestre fue campeón, aunque como suplente. Así estuvo hasta que buscó una nueva oportunidad en Argentinos Juniors.

El ‘Bicho’ estaba en segunda división y cuando el colombiano se consolidaba en la titular tuvo una lesión. En 2005 regresó al Deportivo Cali, no atajó ningún partido y regresó a Argentina. Botero se unió a San Martín de San Juan y allí hizo parte del equipo que logró el ascenso en 2007. Con los ‘verdinegros’ estuvo hasta el 2009 y volvió a su país natal.

Durante todo ese tiempo que jugó en Argentina estudió para ser piloto en ‘Flight Center’, Escuela y Servicios Aéreos Comerciales que hace cursos para extranjeros.

Alejandro Botero pudo tener continuidad debajo de los palos en el Boyacá Chicó entre 2009 y 2010 donde alcanzó a disputar 42 partidos. En 2011 lo fichó el Tolima, pero de nuevo no tuvo mayores oportunidades.

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El rastro de Alejandro Botero se perdió en 2012, solo tenía 31 años y no se volvió a saber mucho de él. A partir de 2013 entró a ser copiloto en Avianca y posteriormente llegó a ser piloto.

En alguna oportunidad uno de sus pasajeros habló con él y en algunos medios se dio la noticia de su nuevo trabajo. Reapareció en 2020 cuando se supo que realizaba vuelos humanitarios durante la pandemia.