Robayo creció en el barrio Ciudad Berna de la capital colombiana e hizo parte de las Selecciones Bogotá en su juventud.

“Lastimosamente para nosotros los bogotanos no es fácil comenzar. Los clubes no nos dan el respaldo que uno quisiera. Me tocó salir a Medellín, pero me sirvió mucha esa experiencia, porque compartí con un señor técnico como lo es Luis Fernando Montoya”, recordó el futbolista en una entrevista para El Espectador en 2016.

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Con Atlético Nacional estuvo durante algunos meses y allí debutó como profesional. En el 2003 regía una norma donde era obligatorio alinear de titular a un jugador Sub 19. El 16 de febrero el técnico Alexis García lo alineó en la visita de los verdolagas al Deportivo Pasto. En ese momento Rafael Robayo tenía 18 años.

Los paisas contaban en su nómina con jugadores como: Andrés Saldarriaga, Elkin Calle, Hilario Cuenú, Juan Carlos Ramírez, Néider Morantes, Héctor Hurtado, Leonardo Mina Polo, entre otros.

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Al primer minuto de juego los locales se fueron arriba con gol de Carlos Salazar y los planes cambiaron para el entrenador. Robayo solo disputó 18 minutos y fue sustituido por Felipe Chará. El marcador se mantuvo y Pasto ganó 1 – 0.

Rafael Robayo no tuvo más oportunidades en Atlético Nacional. Luis Fernando Montoya lo llamó para que fuera al Once Caldas pero allí no actuó en ningún partido.

El propio Montoya lo recomendó para que se probara en Millonarios y desde el 2005 comenzó su larga trayectoria con los Embajadores. Vistió la camiseta azul en más de 400 oportunidades y ganó una Copa Colombia y una Liga.

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Varias veces el bogotano ha confesado que de niño era hincha de Atlético Nacional, pero luego todo cambió. En 2018 le dijo a Marca Claro Colombia en una entrevista: “Uno siempre tiene errores en la vida, uno a veces se equivoca en escogencias y yo me equivoqué de niño escogiendo a Nacional como el equipo del cual iba a ser hincha, me dejé llevar por las malas amistades”.