La universidad que más indagaciones tiene en su contra, de acuerdo con el listado de la Subdirección de Inspección y Vigilancia, del Ministerio de Educación, publicado por la Agencia de Periodismo Investigativo (API), es la Corporación Universitaria de Colombia IDEAS.
La institución tiene 14 investigaciones abiertas por, entre otras razones, firmar convenios que no se ejecutaron, tener vínculos con exparamilitares, incumplir pagos de seguridad social, salarios y prestaciones de servicio a los trabajadores y tener las instalaciones de las sedes en malas condiciones, informó API.
Por su parte, la Universidad Autónoma del Caribe tiene tres procesos en su contra, al parecer, por deficiencias administrativas, fallas en el procedimiento de otorgar becas y desconocer órdenes del ministerio. Con el mismo número de investigaciones se encuentra la Corporación Escuela de Artes y Letras.
En la lista negra también aparece la Universidad la Gran Colombia, institución de más de 50 años de trayectoria, y la Corporación Universitaria Minuto de Dios (Uniminuto), otra reconocida entidad educativa.
A continuación, la lista de las Universidades privadas investigadas:
| Instituciones con Investigación en Trámite | Investigaciones |
| Corporación Universitaria de Colombia – IDEAS | 14 |
| Universidad Autónoma del Caribe | 3 |
| Corporación Escuela Artes y Letras | 3 |
| Corporación Universitaria de Ciencias y Desarrillo – UNICIENCIA | 2 |
| Corporación John F. Kennedy | 2 |
| Fundación Universidad Autónoma de Colombia – FUAC | 2 |
| Fundación Real de Colombia | 1 |
| Instituto de Educación Empresarial – IDEE | 1 |
| Universidad San Buenaventura de Cali | 1 |
| Corporación Universitaria Remington | 1 |
| Centro de Educación de Cómputos y Sistemas – CEDESISTEMAS | 1 |
| Fundación Agraria de Colombia | 1 |
| Corporación Universitaria Santa Rosa de Cabal – UNISARC | 1 |
| Universidad Incca de Colombia | 1 |
| Corporación Universitaria Minuto de Dios – UNIMINUTO | 1 |
| Universidad Metropolitana de Barranquilla | 1 |
| Universidad la Gran Colombia | 1 |
| Corporación politécnico colombo andino | 1 |
| Universiddad – CES | 1 |
| Escuela Suoerir de Ciencias Empresariales – ECIEM | 1 |
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