Hay muchos casos que no responden a la prescripciones antibióticas, o de infecciones recurrentes que requieren un mayor acercamiento sistemático a la terapia. Por esto, es necesario definir la duración del proceso infeccioso, la severidad clínica, la localización e identificación de la infección.

Los signos de la ITU varían con su localización y duración. Una simple uretrocistitis puede ser aguda o ser la exacerbación aguda de una condición crónica. El animal tiene los síntomas clásicos de poliuria, disuria y hematuria oculta o real.

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La Escherichia coli, el Estreptococo, el Proteus y la Klebsiella están presentes en la mayor parte de los casos de ITU. La Escherichia coli ha sido identificada por tener una gran predilección para colonizar el tracto urogenital de los perros. Esta preferencia puede explicar por qué los ITU son comunes en los perros y por qué los perros con ausencia de defensas apropiadas son reinfectados continuamente.

Sin embargo, muchos animales, no tienen signos clínicos pero tienen bacteriuria, o tienen signos clínicos pero no hay hallazgos de bacterias en el cultivo. El Uroanálisis es particularmente importante en animales con antecedentes de ITU o con factores de riesgo para desarrollar bacteriuria subclínica. Los factores de riesgo son : Diabetes mellitus, hiperadrenocorticismo o tratamientos prolongados con corticoides. 

Animales con evidencia de bacterias en el uroanálisis pero negativos en los cultivos pueden estar infectados con micoplasma. Es necesario conocer si el antibiótico utilizado fue el correcto, si la dosificación y duración del tratamiento fueron los apropiados.

También se debe tener en cuenta que los mecanismos de defensa del animal son de vital importancia para prevenir y controlar la infección, determinar el medio ambiente en el cual vive y que muchas veces es el causante que las infecciones persistan.

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El desarrollo de uropratógenos o de bacterias oportunistas puede ser prevenido por la hipertonicidad y el pH de la orina, la ausencia o disminución de azúcares y proteína en la dieta.

Los objetivos terapéuticos son necesarios para modificar el tratamiento frecuentemente. Qué signos clínicos o de laboratorio indican un tratamiento exitoso y en cuánto tiempo deben aparecer? Cuándo la terapia debe ser revaluada y cuáles son los criterios utilizados para tomar la decisión de cambiar el antibiótico y por cuál?

A veces esperamos que la terapia antimicrobiana haga más que matar los patógenos. Los signos clínicos no todos son causados por los microorganismos.

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Las enfermedades del sistema urinario pueden ser el resultante de una variedad de procesos patológicos que pueden ocurrir en cualquier parte del sistema.

La terapia adecuada depende de la localización, severidad y etiología del problema y debe ser instituida solamente después del análisis de su historia, un completo examen físico y un mínimo de datos de laboratorio (cuadro hemático completo, uroanálisis y urocultivo, química de suero sanguíneo, BUN, creatinina, calcio, fósforo y electrolitos.

Los antibióticos más utilizados para el tratamiento de la ITU son: Amoxicilina, Enrofloxacina y Ciprofloxacina acompañados de fluidoterapia, analgésicos y dietas alimenticias bajas en proteína y en azúcares, todo esto ordenado únicamente por el veterinario que es quien sabe los resultados obtenidos en los exámenes clínicos.