La Selección vivió momentos difíciles luego del Mundial de Francia 1998, tanto así que se demoró 16 años en regresar a una Copa del Mundo. El cruce de declaraciones entre futbolistas se volvió normal y las críticas en medios de comunicación eran pan de cada día.

Javier Álvarez inició su ciclo como entrenador de la Selección Colombia en enero de 1999. La primera competencia oficial era la Copa América de Paraguay a mitad de año y no convocó a Faryd Mondragón a ninguno de los partidos amistosos en todo el primer semestre. El ‘Turco’ venía de ser la figura de la Tricolor en el Mundial de Francia y se había unido al Real Zaragoza en diciembre de 1998.

Sin embargo, se hablaba de una pelea con Óscar Córdoba, al parecer el guardameta de Boca Juniors pensaba que Faustino Asprilla presionaba a los técnicos para que su amigo Mondragón fuera el arquero titular.

El técnico tuvo en cuenta a Óscar Córdoba, Miguel Calero, Agustín Julio y René Higuita en todo el proceso de preparación. Córdoba sufrió una lesión cerca al inicio del torneo y también expresó públicamente que no le llamaba la atención ir a la Copa América si no iba a ser titular.

(Vea también: Indisciplina y mala alimentación marcaron a la Selección Colombia Sub-23, de 1992)

Al final Álvarez convocó a los otros tres arqueros y ni Córdoba ni Mondragón fueron al certamen continental. A Mondragón no lo compró el Real Zaragoza y mientras se desarrollaba la Copa América sonaba para un lado y para el otro.

Colombia inició muy bien el torneo ganándole a Uruguay y goleando 3–0 a Argentina. Javier Álvarez era muy optimista, desde el comienzo dijo que viajaba a Paraguay por la copa.

Faryd Mondragón fue invitado al programa ‘El Equipo de Primera’ de la televisión argentina que era reconocido por sus calientes debates. El arquero colombiano dijo que el técnico colombiano era un irrespetuoso con Brasil y Argentina al decir que iba por la copa y que no veía un trabajo técnico ni táctico y solo se destacaban las individualidades del exterior.

Mondragón no sabía que Jorge Bermúdez lo estaba escuchando, porque también estaba invitado al programa. El ‘Patrón’ era el capitán de la Selección Colombia y defendió a capa y espada a su técnico, pidió respeto por el entrenador y que le dieran tiempo.

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Hubo un momento tenso con los jugadores que solo un año antes habían sido compañeros en el Mundial de Francia 1998. Esa declaración y el momento que vivía le habría costado mucho. Sus compañeros de selección no lo tomaron para nada bien y les molestó demasiado.

En el segundo semestre de 1999, Mondragón no atajó en ningún equipo y entrenó con el Deportivo Cali. Hasta enero del 2000 se confirmó su retorno a Independiente de Avellaneda y a los pocos días Javier Álvarez fue despedido de la selección tras una goleada 9–0 de Brasil en el Preolímpico Sub 23. Mondragón pudo volver a la Selección hasta la décima fecha de la Eliminatoria con Luis Augusto ‘Chiqui’ García.