Entre los 16 equipos que afrontarán la segunda instancia de la competición se encuentran los líderes de la fase de grupos y los elencos que en el primer semestre del año afrontaron copas internacionales.

A continuación, los choques de octavos y el camino hasta el título:

Octavos de final (julio 31 y agosto 14):
Llave A: Pereira vs. Águilas de Rionegro
Llave B: Santa Fe vs. Nacional
Llave C: Millonarios vs. Medellín
Llave D: Bucaramanga vs. Junior
Llave E: Real San Andrés vs. Cali
Llave F: América vs. Once Caldas
Llave G: Orsomarso vs. Tolima
Llave H: Pasto vs. Equidad

Cuartos de final (agosto 28 y septiembre 11):
S1: Ganador A vs. Ganador H
S2: Ganador B vs. Ganador G
S3: Ganador C vs. Ganador F
S4: Ganador D. vs. Ganador E

Semifinales (septiembre 25 y octubre 16):
Ganador S1 vs. Ganador S3
Ganador S2 vs. Ganador S4

Final:
Ida: 30 de octubre
Vuelta: 6 de noviembre

El conjunto que se corone campeón tendrá como premio un cupo para la Copa Libertadores de 2020.